Sejak Tahun  1959, SMA Negeri 1 Tual sudah ada,  atas prakarsa putra-putra Kabupaten Maluku Tenggara yang saat itu meliputi 8 kecamatan yaitu, Kei, Aru, Tanimbar, Babar, Leti, Moa, dan Wetar, teristimewa  Bupati saat itu  Bpk. Drs. G.J. Poroe yang berkedudukan di Tual, ibu kota kabupaten Maluku Tenggara.

Sesuai SK Bupati Maluku Tenggara No. 372/UP/UM/1959 Tanggal 10 Desember 1959 Bpk. Soekatidjo diangkat sebagai Kepala sekolah yang pertama.. Tanggal 10 Desember 1959 selanjutnya ditetapkan sebagai hari lahirnya SMA Negeri 1 Tual. yang saat itu bernama SMA Swasta Daerah Maluku Tenggara.

Kepemimpinan kepala sekolah yang pertama berakhir Tahun 1961  ditandai dengan SK Kakanwil P dn K Provinsi Maluku No. 302/PEM/UM/1961 Tanggal 12  Agustus 1961, yang  isinya mengngkat  Drs. N. Parera sebagai Kepala sekolah yang ke 2. Masa kepemimpinan  Drs N. Parera berakhir  Tanggal 02 Januari 1963.

Adapun Kepemimpinan selanjutnya berturut turut yaitu: Drs. D.S.P Silubun (1963-1965) Bpk. O. Labetubun, BA. ( 1965-1983) . Bpk. J. Ikanubun, BA (1983-1986). Bpk W. Makatita, BA (1986-1990), Drs. W. J. Beruat (1990-2005) Bpk. Th. Labetubun, S.Pd. (2005-2009) . Bpk. M. Difinubun (2009-2015) dan berdasarkan SK Wali kota Tual No 7 Tahun 2012,  Bpk. Fata Tukloy, S.Pd, M.Pd.Si ditunjuk sebagai Kepala sekolah yang ke 10.

Pada tahun 2008. Kabupaten Maluku Tenggara telah dimekarkan sehingga SMA Negeri 1 Tual berada dalam wilayah pemerintahan Kota Madya Tual  hingga saat ini telah menunjukan perkembangan yang signifikan terutama dalam  bidang akademik, Olahraga, Seni Budaya dan lainnya. Begitu pula Sarana-Prasarana sudah cukup lengkap, jumlah guru dan tendik yang cukup memadai, semua inii ditandai dengan sekolah yang terakreditasi A.

      Setelah digulirnya pergantian KTSP dengan Kurikulum 2013, Sekolah telah melaksanakan uji coba dan persiapan-persiapan yang matang maka mulai Tahun Pelajaran 2016/2017 diberlakukan kurikulum 2013 pada kelas X  seta sekolah ditetapkan sebagai SMA Rujukan di Kota Tual.